OpenSafely: A plataforma de código aberto que ajuda os pesquisadores a entender o COVID-19

Como maior prestador de serviços de saúde do mundo, o NHS possui uma enorme quantidade de dados de saúde aos quais cientistas e pesquisadores devem ter acesso para facilitar a busca de uma cura ou a prevenção de doenças. Os cientistas e pesquisadores nem sempre tiveram acesso aos dados dos pacientes do NHS tanto quanto gostariam. Mas a ameaça do COVID-19 levou o NHS a disponibilizar o enorme repositório de dados para cientistas e pesquisadores o mais rápido possível para ajudá-los a encontrar respostas para perguntas como por que algumas pessoas têm maior probabilidade de morrer pelo vírus. e se os medicamentos que um paciente está tomando podem ter efeitos colaterais, tenham sintomas graves ou não. O OpenSafely, uma nova plataforma de código aberto que inclui dados detalhados, disponibilizou os registros de saúde de dezenas de milhões de pessoas no Reino Unido para o NHS, disponíveis para cientistas e pesquisadores em sua luta contra o COVID-19. Por meio da plataforma OpenSafely, cientistas e pesquisadores poderão analisar os registros eletrônicos de saúde de milhões de pessoas, em um esforço para entender o COVID-19. Os arquivos contêm os dados completos de atendimento de 24 milhões de pessoas e mais serão adicionados em breve. O software de análise está aberto para testes de segurança, revisão científica e reutilização. O OpenSafely foi criado em apenas cinco semanas pela Universidade de Oxford, pela Escola de Saúde e Medicina Tropical de Londres e por empresas médicas. O NHS England é responsável pelo processamento de dados. Embora a ideia de criar uma plataforma de análise de dados como o OpenSafely existisse antes do COVID, a ameaça do vírus e a compreensão do valor dos dados mantidos pelo NHS levaram as organizações a implementar o projeto.

No passado, questões de segurança e privacidade dificultavam projetos que exigiam que os dados do NHS fossem usados ​​para pesquisa, devido ao fato de serem dados extremamente sensíveis. O OpenSafely usa uma série de tabelas passo a passo, cada uma das quais fornece poucas informações sobre indivíduos e pesquisadores não têm acesso para executar uma consulta ao banco de dados dos dados de um paciente no nível do evento. Para manter os dados dos pacientes do NHS o mais seguro possível, o OpenSafely foi transformado de modelo baseado em confiança para modelo baseado em evidências.

Cientistas e pesquisadores poderão analisar os dados do OpenSafely apenas no data center que inclui os registros eletrônicos de saúde da empresa. Em vez do modelo comum de exportação de dados tudo-em-um, que os pesquisadores trabalham localmente (e, portanto, os expõem a todos os riscos à segurança local), todas as análises são feitas onde os arquivos estão localizados e apenas as tabelas de pesquisa podem ser extraídas pelos pesquisadores.O OpenSafely também está disponível com código-fonte aberto, com todo o código publicado no GitHub em paralelo com a definição do estudo para o primeiro estudo realizado nos dados.Projetos como o OpenSafely poderiam, em última análise, ajudar a comunidade científica e de pesquisa em uma atitude mais aberta e menos privada com os dados e sua análise. A maneira como a equipe criou o OpenSafely visa incentivar cientistas e pesquisadores a compartilhar o que fazem. Quando os usuários criam uma lista de senhas – uma lista de pessoas com uma situação específica, por exemplo – ou um cenário detalhado, tudo é compartilhado no GitHub.

Não demorou muito para o OpenSafely dar frutos. De acordo com um estudo de 17 milhões de arquivos publicados no mês passado, pessoas de “negros e asiáticos” corriam mais risco de morrer com o COVID-19. Também identifique os principais fatores de risco de morte por COVID-19, incluindo ser homem, idosos ou asma grave ou diabetes mal controlado. O OpenSafely conseguiu passar da estrutura para a primeira pesquisa em questão de semanas, usando uma equipe que incluía programadores-epidemiologistas. Espera-se que os dados do OpenSafely sejam usados ​​para ajudar a responder a perguntas sobre a eficácia dos tratamentos propostos para o COVID-19, com fatores de risco para o desenvolvimento de sintomas graves, como o vírus pode se espalhar, com Quão eficaz é a intervenção em saúde pública e com efeitos inesperados à saúde causados ​​pelo vírus, como atrasos no encaminhamento para câncer ou vacinação. Também há planos para uma segunda fase do projeto, que não será limitada ao COVID-19.